Josip Šego je rodjen 14. listopada 1974. u Sarajevu. Studij dirigiranja na Muzičkoj akademiji u Zagrebu počeo je u klasi profesora Igora Gjadrova, a diplomirao je 2000. godine u klasi profesora Vjekoslava Šuteja. Tijekom studija primio je Dekanovu nagradu za izvedbu opere The Medium Gian Carla Menottija, a cijeli projekt je dobio Rektorovu nagradu.
Od godine 2000. angažiran je u Operi HNK u Zagrebu kao korepetitor, a 2005. unaprijeđen je u dirigenta. Kao dirigent debitirao je s operom Capuleti i Montecchi Vincenza Bellinija 2002. godine. Iste godine preuzima i Mozartov Idomeneo, s kojim je nastupio na Festivalu Mozartove glazbe u Miškolcu (Mađarska).

Repertoar u Operi HNK u Zagrebu:
Capuleti i Montecchi Vincenza Bellinija, 19.11.2002.
Idomeneo Wolfganga Amadeusa Mozarta, 15.4.2003.
Lady Macbeth Mcenskog okruga Dmitrija Dmitrijeviča Šostakoviča, 4.2.2004.
Kazališne zgode i nezgode Gaetana Donizettija, 16.5.2004.
Tristan i Izolda Richarda Wagnera, 27.2.2005.
Rigoletto Giuseppea Verdija, 24.3.2005.
Bastien i Bastienne Wolfganga Amadeusa Mozarta, 18.11.2005.
Čarobna frula Wolfganga Amadeusa Mozarta, 9.2.2006.
Nikola Šubić Zrinjski Ivana pl. Zajca, 19.5.2006.
Seviljski brijač Gioachina Rossinija, 24.5.2006.
Tribun Mauricija Kagela, 28.4.2007.
Fabularium animale Silvija Foretića, 28.4.2007.
Pingvini Zorana Juranića, 7.5.2007.
Mirjana Josipa Mandića, 25.4.2008.
Falstaff Giuseppea Verdija, 12.6.2009.
La Bohème Giacoma Puccinija, 18.12.2009.

U studenom 2004. postavio je premijeru opere Posjet stare dame Gottfrieda von Einema u Makedonskoj operi i baletu u Skopju i postao stalni gost ove operne kuće. U Skoplju je ravnao još i operama Lucia di Lammermoor, Trubadur, Rigoletto, Tosca i La Bohème. U svibnju 2005. godine ravnao je premijerom Seviljskog brijača Gioacchina Rossinija u Narodnom pozorištu u Sarajevu. Prilikom otvorenja prve operne kuće u Bitoli, u rujnu 2005. godine pripremio je premijeru opere Don Pasquale Gaetana Donizettija.

Od godine 2000. do 2005. je bio dirigent mješovitog zbora Collegium pro musica sacra, s kojim je ostvario više zapaženih nastupa, te osvojio Zlatnu plaketa na 5. natjecanju pjevačkih zborova u Zagrebu 2001. i Srebrnu plaketu na Olimpijadi zborova u Bremenu 2004. S ovim ansamblom gostovao je u Italiji, Austriji, Njemačkoj i Švedskoj.

Nastupao je i sa Zagrebačkom filharmonijom, Simfonijskim orkestrom HRT, Simfonijskim puhačim orkestrom Hrvatske vojske i Karlovačkim komornim orkestrom, Skopskom filharmonijom, Hrvatskim komornim orkestrom, Orkestrom HNK Ivana pl.Zajca, Zborom i orkestrom Instituta za crkvenu glazbu Albe Vidaković, Akademskim mješovitim zborom Bazilike Srca Isusova Palma i Mješovitim zborom Lira.

Godine 2003. snimio je glazbu Igora Kuljerića za film Duga mračna noć Antuna Vrdoljaka.